Las primeras ediciones mantuvieron un formato similar, con etapas de Apertura y Clausura donde los clubes jugaban en zonas de grupos y clasificaban a rondas de playoff los mejores ubicados. Al cabo de la fase regular se conformaba una tabla general por grupos donde el último descendía y los primeros disputaban las rondas finales hasta determinar los ascensos al Torneo Argentino A.
El comienzo de la década del 2010 trajo aparejadas varias reestructuraciones que generaron invitaciones masivas, llegando la categoría a tener 136 participantes en la edición 2013/2014. Desde 2014 la divisional pasó a llamarse Torneo Federal B.
Tras la campaña 2017, el Torneo Argentino/ Federal B fue dado de baja y el fútbol del interior dejó de tener una cuarta categoría estable. Al mismo tiempo desapareció el Torneo Federal C, y el reemplazo para ambas pasó a ser el Torneo Regional Amateur que tuvo su estreno en 2019.
Atlético Uruguay, Patronato de Paraná y Juventud Unida de Gualeguaychú fueron los tres clubes entrerrianos a los que el Consejo Federal le asignó plazas fijas para disputar el primer Torneo Argentino B estable en la temporada 2004/2005.
Para la edición siguiente (2005/2006) fue invitado Atlético Paraná (semifinalista del primer Torneo Argentino C) quien terminaría descendiendo tras caer en la final de la Reválida con Sarmiento de Resistencia. También perdió la categoría Juventud Unida –último en el grupo-. Aunque más tarde se jugaron repechajes por nuevas plazas entre los descendidos y Juventud Unida se impuso 1-0 en el global en una serie con Atlético Paraná.
Aún sin intervenir en las rondas decisivas por el ascenso, el fútbol entrerriano volvió a tener equipos en las etapas de descenso en la campaña 2006/2007, dándose un histórico enfrentamiento entre Atlético Uruguay y Colegiales de Concordia, en una de las series de Promoción. La misma fue ganada por el Pompeyano con un 5-2 global.
Nuevamente con tres plazas, el fútbol provincial afrontó la temporada 2007/2008 en la que Patronato logró el ascenso al ganarle una de las finales a Central Córdoba de Santiago del Estero.
El Decano de la capital entrerriana hizo una gran primera fase en la 2010/2011 –donde también compitieron sin pasar la fase inicial Juventud Unida y Colegiales- pero quedó último en su grupo en la segunda etapa.
A estos tres clubes se les sumaron para la 2011/2012 otros dos: Defensores de Pronunciamiento –semifinalista- y Sportivo Las Heras de Concordia –cuartofinalista- por sus buenas performances en el Argentino C 2011. El elenco de la Liga de Colón terminó último en su grupo y perdió la categoría, aunque luego sería invitado a continuar en la divisional. Por otro lado, Juventud Unida alcanzó las semifinales –lo eliminó Guaraní Antonio Franco- y hasta cuartos llegaron Atlético Paraná y Colegiales.
Social y Deportivo Achirense –ascendido tras ganarle la final a Unión de Villa Jardín de Concordia- y la invitación a Viale Football Club –finalista- provenientes del Argentino C le dieron dos nuevas plazas a Entre Ríos para la campaña 2013/2014, acompañando a Belgrano, Colegiales y Atlético Paraná, éste último de brillante campaña que fue coronada con el ascenso en la final ante Unión de Villa Krause (San Juan) por penales.
Otros dos ascensos en el Federal 2014, logrados por DEPRO y Libertad de Concordia, subieran la cantidad de plazas entrerrianas a 6 para la edición 2014 del ahora Torneo Federal B. Hubo dos finalistas, pero lamentablemente ningún ascenso: Achirense –eliminó en semis a DEPRO- cayó por penales con Sportivo Las Parejas y Libertad 1-2 en el global con Vélez de San Ramón.
En la campaña 2016 el mejor exponente provincial fue Belgrano, semifinalista al caer por penales con Rivadavia de Lincoln –luego ascendería- quien en el camino postergó también a Achirense y Atlético Uruguay en las rondas de play off.
También en 2016 se jugó el Complementario con dos invitaciones para Concordia: el regreso de Colegiales y el debut de Santa María de Oro, quien terminaría descendiendo. Belgrano volvió a ser semifinalista pero su verdugo esta vez fue Ben Hur de Rafaela, también en penales.
La última edición fue en 2017 y tuvo a 9 clubes entrerrianos contando la invitación a Santa María de Oro y al Club Atlético Villa Elisa de la Liga de Colón por sus buenas campañas en el Federal C, y al ascendido Arsenal de Viale. Achirense fue el mejor representante y llegó a semifinales cayendo con un global 1-6 ante Atlético San Jorge de Santa Fe. Colegiales terminó último en el grupo y descendió.
En el recorrido histórico se destacan los ascensos de Patronato, Juventud Unida, Atlético Paraná y DEPRO. Como contracara en este período hubo 10 descensos: Atlético Uruguay, DEPRO y Colegiales en dos oportunidades, Juventud Unida, Atlético Paraná, Las Heras y Santa María de Oro.
La tabla histórica de puntos es liderada por Juventud Unida con 376 (en 258 partidos), seguido por Colegiales con 281 (en apenas 2 partidos menos), Atlético Paraná con 254, Atlético Uruguay con 219 y Belgrano con 209.
Más atrás aparecen: Patronato (179), Achirense (165), DEPRO (136) y Libertad (135). Y luego: Viale FBC (97), Las Heras (45), Santa María de Oro (40), Arsenal (24) y CAVE (23). Mientras que Salto Grande disputó dos partidos de una Promoción y cosechó un punto.
Colegiales es el equipo con más temporadas (11) en la categoría. Juventud Unida disputó 9, Atlético Uruguay 8 y Belgrano estuvo en 7 oportunidades.
