Hasta ese entonces a Primera división se llegaba desde la Primera B (hoy Primera B Metropolitana) o desde el Torneo Regional (para los indirectamente afiliados a AFA), éste último certamen eliminatorio entre clubes provenientes de ligas y federaciones.
Actualmente Patronato de Paraná es el único club entrerriano que compite en la divisional y de hecho acaba de finalizar su séptima temporada, igualando la marca de Gimnasia y Esgrima de Concepción del Uruguay, con la particularidad que nunca coincidieron en la categoría. Los otros dos equipos que registraron pasos son Juventud Unida de Gualeguaychú (4 torneos) y Atlético Paraná (3).
El Patrón disputó el actual Torneo 2023 iniciando su segundo ciclo en la Primera Nacional, tras el período 2010-2015 que se cortó por su ascenso a la Superliga. En el caso del Lobo, tuvo una temporada debut (1996-1997) con descenso y un rápido regreso que duró seis años (1998-2004) siendo finalista y jugando una Promoción en 2002.
Juventud Unida y Atlético Paraná ascendieron juntamente a fines de 2014, con la salvedad que los capitalinos perdieron la categoría a mediados de 2017 y los de Gualeguaychú en 2018. Ambos un par de años después también caerían del Torneo Federal A al Torneo Regional Amateur.
Patronato realizó una tremenda campaña en la Primera B Nacional 2015 donde terminaría cristalizando su ascenso a la Superliga 2016. Con 82 puntos en 42 partidos fue segundo de Atlético Tucumán (85) -único ascenso directo- y clasificó al Reducido por el segundo ascenso con otros tres equipos. En semifinales eliminó a Instituto de Córdoba (1-1 de visitante y 3-1 en el Grella) y en la final doblegó por penales a Ramón Santamarina de Tandil por 6-5, luego de vencerlo 2-0 en Paraná, equilibrando una serie que empezó con derrota 1-3 en Buenos Aires.
Previamente disputó otras cinco ediciones de la B Nacional en las que alternó tres buenas (6º, 7º y 8º), una regular (13º de 20 en el debut) y una mala (19º) campaña. Esta última en la edición 2013/2014 donde se destacaron Banfield, Defensa y Justicia, Independiente y Atlético Tucumán. La mejor de las performances fue en la 2011/2012 donde el Patrón venció a los cuatro primeros de la tabla: River Plate, Quilmes, Instituto y Rosario Central.
Tras descender de la Liga Profesional en 2022, Patronato afrontó en el actual 2023 el certamen de la Primera Nacional y en paralelo hizo su debut internacional jugando la fase de grupos de la Copa Libertadores y posteriormente los octavos de final de la Copa Sudamericana, todo esto por haber sido campeón de la Copa Argentina 2022.
Apenas 42 puntos en 36 partidos dejaron al equipo en la 14º posición (19 equipos) de la Zona A, lejos (a 11 unidades) del acceso al Reducido por el segundo ascenso.
La historia del Lobo uruguayense en el Nacional B tuvo un primer paso en la temporada 1996/1997 subiendo mediante un reclasificatorio dispuesto por el Consejo Federal. Allí derrotó -ambos 2 a 1- en una llave a dos partidos a Patronato de Paraná y obtuvo la plaza dispuesta para la provincia de Entre Ríos. La misma se jugó una vez finalizada la primera temporada del Torneo Argentino A en el cual ambos participaban y en el que Gimnasia hizo una gran campaña.
Fue debut y despedida para el Mensana, que finalizó último en la zona de grupos y pasó a la Etapa Permanencia donde mejoró su rendimiento (21 puntos en 16 partidos) quedando 6º de 9 equipos, pero terminó condenado por su puntaje anual (25 en 32) al igual que Juventud Antoniana de Salta, con quien justamente había peleado el ascenso en el anterior Torneo Argentino A.
Aunque su mejor versión se vio en la 2001/2002, temporada que tuvo un formato peculiar: en el Apertura hubo 25 equipos y jugaron todos contra todos a una ronda, siendo campeón y ascendido Olimpo. Y en el Clausura, sin los bahienses, los 24 elencos fueron divididos en 3 grupos de 8 (Gimnasia ganó el suyo) y se conformó una Tabla General donde los primeros 8 pasaron a un Reducido por el segundo ascenso.
Tras despachar a puro gol a Instituto (5-2 el global) y Atlético Rafaela (6-3) Gimnasia estuvo ante su primera gran chance de ser de Primera pero cayó en la final con Arsenal de Sarandí (2-3 el global). Tuvo otra oportunidad en la Promoción y pese al 3-1 en el estadio Núñez, cayó 0-3 en su visita a Unión de Santa Fe, que revalidó su plaza en la A.
Lo que siguieron fueron dos temporadas muy flojas y el descenso al Torneo Argentino A (hoy Federal A) donde permanece hasta la actualidad. El Lobo fue 18º (entre 20 equipos) en la Tabla General de la 2002/2003 y último de los 20 en la 2003/2004, perdiendo la categoría por promedios.
Juventud Unida y Atlético Paraná debutaron en la B Nacional 2015 sumándose como representantes entrerrianos a Patronato, quien justamente en ese certamen lograría el ascenso. Ambos tuvieron buenas presentaciones (12º y 7º) clasificando a la Copa Argentina.
En el breve torneo 2016 (21 fechas) Juventud Unida (28 puntos) terminó en mitad de tabla pero Atlético Paraná finalizó 21º de 22 con apenas 3 triunfos y 19 unidades, aunque sin problemas con el descenso por su buena campaña anterior.
Nuevamente en el certamen (2016/2017) los paranaenses volvieron a quedar en la parte baja (22º de 23, con 39 puntos en 44 partidos) y terminaron descendiendo por promedios. Juventud Unida (55) fue 16º.
En la temporada 2017/2018 el equipo de Gualeguaychú fue el único club entrerriano y logró el 15º puesto entre 25 participantes, siendo uno de los 6 descendidos de esa temporada. Una racha de derrotas en la recta final del campeonato precipitó la pérdida de categoría.
Yendo a los números, Patronato (258) y Gimnasia (252) son los que más partidos disputaron en la categoría, con una leve ventaja en puntaje a favor del Rojinegro: 364 contra 329 del Lobo. Los paranaenses (96 ganados) superarán en la próxima temporada el centenar de triunfos.
Juventud Unida está tercero en el historial con 131 encuentros (167 puntos) y Atlético Paraná jugó 107 partidos, sumando 116 unidades.
